Wie pewnie dużo osób, ale nie jest to takie zupełnie proste. Napiszę mniej więcej jak to zrobić w Symfonii ERP Kadry i Płace (w zwykłej powinno być bardzo podobnie):
1) wchodzisz w ikonę firma
dane kadrowe > wynagrodzenia > rozliczenia > godziny nadliczbowe; tu ustawiasz odpowiedni schemat czasu pracy- jeśli chcesz, aby program sam próbował raz na 3 miesiące rozliczać nadgodziny z tyt. przekroczenia tych norm to ustawiasz "Czy generować rozliczenia czasu pracy?" = "Tak"; tyle że uwaga - u wszystkich nowych pracowników zacznie się to robić (rozliczanie gdy nie ma co wypłacić cóż... nic nie wypłaca więc nie szkodzi, tyle że są zdarzenia dodatkowe do realizowania), no a dla tych których już masz trzeba będzie wystartować nowe bilanse
2) u osób, które mają mieć rozliczane godziny średniotygodniowe wchodzisz w dane kadrowe > wynagrodzenia > rozliczenia > godziny nadliczbowe i tu dodajesz nowy wiersz "Rozliczenie czasu pracy/godziny nadliczbowe" od pierwszego dnia okresu rozliczeniowego bez daty końcowej (system tak jak w bilansie np. urlopowym doda sobie z czasem więcej wierszy)
3) rozbieżności względem normy nie powinnaś ewidencjonować wstawiając po prostu czas pracy do kalendarza, ale raczej specjalnym zdarzeniem - "Praca poza harmonogramem".
Z tym mechanizmem trzeba się niestety odrobinę pobawić i przywyknąć do tego jak działa, poza tym - da się ;)
Edit: zapomniałem dodać - to jedna z tych funkcji do których naprawdę warto wezwać eksperta, pójdzie dużo łatwiej.